税收是国家财政收入的主要来源，也是国家进行宏观调控的重要方式之一。电子商务的出现和发展改变了传统的贸易框架，同时也对传统的税收理论、税收法律制度带来了不同程度的冲击。传统的税收理论主要是针对有形产品制定的，并以属地原则为基础进行管辖，通过常设机构、居住地等概念把纳税义务同纳税人的活动联系起来。电子商务交易活动的虚拟性、交易主体的流动性以及数字化操作的快捷性等特征，使得传统税收理论中的一些基本概念远远落后于交易方式的发展，并且极大地增加了税收征管的难度，对现行税制提出了前所未有的挑战。
1.税制区别
（1）纳税主体。传统交易方式下，纳税主体都以实际的物理存在为基础，税务机关可以清晰地确定其管辖范围内的纳税人及其交易活动。但是在网络环境中，互联网上的市场是一个虚拟市场，通过互联网进行交易的双方，尤其是网上应税劳务或转移无形资产的提供者，可以隐匿姓名、居住地，无法查证真实身份，也不能提供交易主体的实际处所。因此，税务机关无从判定其管辖范围内的纳税主体，传统的税源控制方法也无法有效地发挥作用。
商务活动
（2）征税对象。征税对象是征税的依据，也是不同税种之间区分的首要标志。征税对象不同，税种也不同，相应的税收政策也不同。在传统经济活动中，各个税种的征税对象很容易分辨，但是随着现代信息通讯技术的发展，原先作为有形商品的书籍、报刊、音像制品、计算机软件等，现在都可以数字化信息的形式直接经过互联网传递，而不必交付实物。根据现行税收理论，这种数字化产品究竟应界定为商品还是服务，对网上交易所得以何种税收方式进行征税也就成了难以确定的问题，因为如果属于商品销售应征收增值税，如果属于提供劳务或转让无形资产应征收营业税。中国现行税法对数字化产品的界定问题没有规定，因此在实践中会导致税务处理的混乱。
（3）纳税环节。现行税法对纳税环节的规定是基于有形商品的流通过程和经营业务活动的，主要适用于对流转额征税，因此其确定必须考虑商品及劳务价格的实现阶段。在电子商务中，由于网上交易具有虚拟性、隐蔽性的特点，交易对象不易认定和控制，销售、流通等各个阶段无法确切区分，因而按照原有纳税环节的规定不易认定和控制。
2.税收征管区别
（1）税收管辖权。税收管辖权是一个国家在税收领域内行使的具有法律效力的管理权力，
是国际法公认的国家主权原则在国际税收领域里的体现。世界各国通行的税收管辖权的确认标准主要包括三种。一是属地原则，即以本国领土范围作为行使税收管辖权依据的原则。采用这种管辖权的国家只对来源于本国境内，或者被认为是来自本国境内的全部所得行使征税管辖权，而不考虑纳税人是否本国的公民或居民。二是属人原则，即以纳税主体是否具有本国国籍作为行使税收管辖权依据的原则。采用这种管辖权的国家只对本国的公民或居民取得的收益征税，即使这个公民或居民的收入有一部分甚至全部都来源于其他国家，而对非本国的公民或者居民的收益，不论其来源于国外还是国内，均不征税。三是混合原则，即混合适用属地原则与属人原则，以一种为主，另一种为辅。目前大多数国家采取的是混合原则，对本国居民的境内、所得以及非本国居民来源于本国境内的所得征收税款。由此引起的国际重复征税通常以双边税收协定的方式加以解决，即两国签订双边税收协定，约定纳税人本国应该对于纳税人来自另一国并且已被该国征税的所得给予抵免税款，从而尽量避免国际重复征税但是这些传统的税收概念和原则在电子商务这种新兴的交易方式迅速发展的今天，面临着严峻的挑战。
首先是“常设机构”这一国际税法的基本概念。常设机构往往是一国对其境内的非居民来源于该国的所得行使税收管辖权的依据。《经济合作与发展组织范本》和《联合国范本》都对
常设机构进行了界定，即指一个企业开展全部或部分营业的固定场所，包括管理场所、分支机构、办事处、工厂、车间或者作业场所、矿场、油井或者气井、采石场或者任何其他开采自然资源的场所。另外，如果缔约国一方企业在缔约国另一方境内并没有通过某种固定的营业场所从事营业活动，但它在另一方境内授权特定的营业代理人开展业务，仍有可能构成常设机构存在。在国际税法中，这一法律概念的法律意义在于，非本国居民公司在收入来源国通过常设机构取得的经营所得，收入来源国可以征税，如果不是通过设在本国的常设机构取得的收入，收入来源国则不能征税。但是，在电子商务中这一概念受到了挑战。因为电子商务中的大部分商事行为是由服务器自动完成的，电子商务网站的服务器是否可以作为常设机构？这一问题还存在着很多争论。从某种意义上说，该服务器行使的是代表企业从事商事活动的权利，似乎应该认定为常设机构。但是服务器和网址流动性极强，经营者可以任意在任何一个国家设立和租用一个服务器，成立一个商业网站。可以随时随地转移而不影响正常工作，网站是否具有常设机构的性质？如果将网站视作“常设机构”，由于网站能够轻易地从一国流动到另一国，经营者很可能为了逃税将网站迁移到低税国或其他避税地而不影响网站的效率，这不仅不符合常设机构的“固定性”要件，而且对于确定具体地址以行使管辖权也极为不便。
其次，商品服务供应地是确定流转税征收管辖权的主要依据。传统交易方式下，商品服务供应地往往是经营者所在地或者消费者所在地，易于确认。但是在网络环境中，消费者住所地、网络商业中心所在地及其服务器地址所在地三者常常位于不同国家，此时商品供应地如何确定、何国拥有税收管辖权，难以判断.。同理，对于服务供应地而言，随着远程控制技术的发展，很多服务项目不必服务人员亲临现场，而是可以提供在线服务，这便降低了服务供应地与特定地理位置之间联系的紧密性，也加大了确定流转税征收管辖权的难度。
上述两方面都说明属地管辖权在电子商务中难以继续有效地发挥原有作用，于是一些国家倡导应该弱化属地管辖权，而倾向并侧重属人管辖权。然而在网络的虚拟条件下，交易双方往往不会以真实身份出现，从而其实际姓名与确切地址都无从探知，其本国对之行使属人税收管辖权也非易事。
由此可见，电子商务对传统税收管辖权带来的冲击是前所未有的。
（2）税务稽查。税务稽查是保障税收的重要一环。税务机关对纳税人进行有效的税收征管和稽查，必须切实掌握纳税人应税事实的信息和精确的证据，而主要获取途径就是对纳税人的合同、发票、凭证、账簿、各种报表等进行有效性、真实性、逻辑性和合法性审查。为
此，各国税法普遍规定纳税人必须如实记账并保存账簿、记账凭证以及其他与纳税有关的资料若干年，以便税务机关检查，这就从法律上奠定了以账证追踪审计作为税收征管的基础。但是在电子商务活动中，谈判签约、支付价款甚至数字化产品的交付等行为都可以在线完成，网上交易的电子化、无纸化程度越来越高，订单、合同、各种票据都以电子形式存在，且电子凭证可以被轻易地修改、删除而不留任何线索、痕迹，使得税收征管稽查失去了有形的原始实物凭据。电子商务的发展刺激了电子支付系统的完善，联机银行与数字现金的出现，加大了税务机关通过银行的支付来进行监控的难度。而且越来越发达的数据信息加密技术可以很好地隐匿交易信息，也可成为企业偷漏税行为的天然屏障，加大了税收征管和稽查的难度。
（3）代扣代缴制度。代扣代缴制度是各国普遍设立的一项税收制度，传统税收征管很大部分是通过中介环节代扣代缴的，不仅有利于以源泉控管的方式加强对零散税源的监控，防止税款流失，而且也便于广大小额纳税人缴纳税款。但是在电子商务中，许多交易活动是在供销双方之间利用网络直接完成的，商业中介的参与程度越来越低，从而对税收的代扣代缴办法产生影响，不仅造成了税款的大量流失，而且使原本只需向少数代理人征税变为向广大消费者征税，从而加大了税收部门的工作量，提高了征税成本。
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